十四至十五世纪的西欧，资本主义开始发展，民族主权逐步加强，天主教会内部矛盾加剧，教廷更加腐败，文艺复兴的反封建思想广泛传播，宗教改革的条件渐趋成熟。开创欧洲文化新时期的文艺复兴，以人文主义思想为主导，为近代文学、艺术、教育、哲学和科技发展开辟了道路，但却是一个局限于知识阶层的运动。新的时代精神在宗教影响深厚的广大群众中的表现──宗教改革，则既是反对罗马教廷、改革基督教的大规模运动，又具有争取民族独立，反对封建制度的社会政治内容，所以得到了各阶层人民的广泛参加。十四世纪时，英国的威克里夫提出建立民族教会，反对教廷征捐，拥护他的学说的罗拉德派积极参加了一三八一年的农民起义。十五世纪初，捷克的胡斯也提出类似主张，否认教皇的最高权力，要求改革教会。一四一五年他在康斯坦茨宗教会议上被判火刑，激起了持续十余年的胡斯战争。威克里夫和胡斯的主张影响了十六世纪的宗教改革。一五一七年，德国神学教授马丁‧路德针对教廷兜售赎罪券的做法，发表「九十五条论纲」，揭开了宗教改革运动的序幕。运动的主要纲领有：反对教皇对各国教会的控制，反对教会拥有地产，主张以「圣经」作为信仰的最高准则，强调教徒个人「因信称义」，直接与上帝相通，不需教士作为中介等等。德国的广大农民、平民、市民和部分封建主参加了运动。其中以闵采尔为代表的平民革命派积极参加并领导了一五二四年至一五二五年的德国农民战争。以路德为代表的温和派建立了适合部分诸侯和市民需要的新教会。一五四一年，以加尔文为代表的激进派在日内瓦进行改革，建立了长老制教会和政教合一的共和政权。加尔文以「预定说」为核心的神学理论十分适合资本主义发展的需要，所以迅速传播到西欧和北欧的广大地区。他的宗教改革成为「荷兰和苏格兰共和党人的旗帜，使荷兰摆脱了西班牙和德意志帝国的统治」。法国的加尔文信徒「胡格诺派」经过长期战争，赢得了宗教信仰自由。在英国，从亨利八世直到伊莉萨白一世，经过长期的反复斗争，自上而下的宗教改革终于成功，确立了英国国教会的地位。北欧各国也相继进行了自上而下的宗教改革。宗教改革产生了路德宗、加尔文宗和安立甘宗等脱离天主教的新教，沉重地打击了天主教会和封建制度，对欧洲近代社会发展产生了深远的影响。所以恩格斯称之为欧洲资产阶级反对封建制度的第一次大决战。这次决战之所以采取反罗马教会的形式，是因为在当时的历史条件下，要在每个国度内起来和世俗封建制度作斗争，就必须首先摧毁把封建制度神圣化的神圣组织──罗马教会。

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为了对付宗教改革造成的新局面，天主教会也进行了对应的改革运动，史称「反宗教改革」或「天主教改革」。本来伊拉斯谟等人文主义者就曾反对分裂教会，反对使用暴力，但主张改革天主教会。同时作为天主教重要支柱的各种修会，亦因神秘主义流行而复兴。西班牙统一后，一方面用异端裁判所迫害异教徒和异端，另一方面则革除教会弊端，提高神职人员素质。教皇保罗三世曾命主张改革的「圣爱会」成员加拉法提出改革方案，但未实行。宗教改革后成立的巴拿巴会、圣天使会、乌尔苏拉会等强调虔修生活和社会服务，其中「耶稣会」影响最大。耶稣会士经过严格挑选和训练，深入社会各阶层进行维护天主教的活动。他们为了影响世俗当局，往往不择手段，一度弄得声名狼藉，以至被教皇解散，但对遏制新教发展仍起了相当作用。在天主教会上层，自康斯坦茨会议之后，改革呼声一直不断。一五四五年至一五六四年召开的特兰托宗教会议，本欲与新教和解，但是经过一系列斗争，却仍旧重申天主教基本教义和圣礼制度无误，谴责了新教的观点。同时规定主教必须讲道、神父必须熟读圣经、教士道德应受监察、开办神学院训练神职人员等整肃措施。反宗教改革运动利用各国封建势力的支持，巩固了天主教在拉丁语系国家和东欧部分地区的地位，使教皇地位有所提高并在欧洲事务中继续保持一定影响。同时各修会竞相向外扩展，使天主教势力达到了美洲、亚洲和非洲的广大地区。