宋代理学是在继承和改造两汉经学与魏晋玄学的基础上建立起来的，它以「天理说」取代了汉代的「天神说」，以「理气说」取代了魏晋的「贵无论」。它又摄取佛道的思维方式与修养方法，使自己既具有政治上的优势，又具有足以与佛道抗衡的理论优势。

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理学的神学色彩首先表现在把忠孝与五常拔到「天理」的高度，给神权披上理性的外衣。「天理」至善至美、神圣不可侵犯，存「天理」必须灭「人欲」，以此扼杀人们身上违背封建道德的感情欲求。理学家还宣扬超历史的道统说，尤其神话孔子，有「天不生仲尼，万古长如夜」的颂言。朱把伪《古文尚书》中「人心惟危，道心惟危，惟精惟一，允执厥中」十六字，奉为孔门传授心法，使之成为类似神启的宗教教义。

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其次是直接吸收佛道学。理学开创者周敦颐，其《太极图‧太易说》出自道教，其《爱莲说》由《华严经探玄记》脱胎而出。北宋五子之一邵雍，其学可上溯到道士陈抟的《先天图》。理学代表人物程颢、程颐赞美佛学「极尽乎高深」(《河南程氏遗书》卷十五)。又说：「洒扫应对，便是形而上者，理无大小故也」(《河南程氏遗书》卷十三)，近似禅宗。又说「事理一致，微显一源」(《河南程氏遗书》卷二十五)，类似华严。程颢曾云：「虽尧舜事业，亦只如太虚空中一点浮云过目」(《宋元学案‧明道学案》上)。程颐肯定华严宗圆融无碍的说法，并归纳为「万理归于一理」的命题(《河南程氏遗书》卷十八)。宋代理学最大代表者朱熹对《阴符经》、《周易参同契》均有精心研究，并称赞佛教说：「佛教最有精微动得人处。」《朱子语类》卷十三)，又说：「今之不为禅学者，只是未曾到那深处，才到深处，定走入禅去也。」(《朱子语类》卷六)朱熹的「理一分殊」之说，无疑受华严宗的启发，他说：「然虽各自有一个理，却又同出于一个理。」「释氏云『一月普现一切水，一切水月一月摄』这是那释氏也窥见得这些道理。」(《朱子语类》卷十八)宋代心学大儒陆九渊蔑视儒经文字，声称「六经皆我注脚」。他反对朱熹「格物致知」的修养方法，斥为「支离事业」，主张直指本心，明心见性的简易功夫，颇有禅宗的风度，故世人称「陆学即禅学」。