道教于宋元两代进入巅峰时期。宋代诸帝佞道甚于佞佛。真宗时编《大宋天宫宝藏》，徽宗时编《崇宁道藏》、《政和道藏》，从此才有道教经典总集。张君房又辑要而成《云笈七签》，成为道教要籍。真宗上玉皇大帝圣号，奉为天界总领，赐道士张正随为虚静先生。徽宗自称教主道君皇帝，上玉帝尊号为「太上开元执符御历含真体道昊天玉皇大帝」建玉清昭阳宫奉祀老子，置道官，立道博士员，赐道士林灵素为通真达灵先生，道士徐知常为冲虚先生。他欲扬道抑佛，改称佛为大觉金仙，菩萨为仙人大士，僧尼称德士，位在道士之下。

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辽金元之世，道教形成确定的教团，出现正一教与全真教两大教派。元世祖封张道陵三十六代孙张宗演为嗣汉天师，主领江南道教，形成以符箓为主的正一教派。金代道士王重阳在山东创立全真道(教)，以炼养为主。元代全真道道士以王重阳派为北宗，张伯端(北宋道士)派为南宗，两宗均依托王玄甫、钟离权为祖师。北宗称王玄甫、钟离权、吕岩、刘操、王重阳为北五祖，南宗称张伯端、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾为南五祖。北宗还称王重阳七大弟子(马钰、谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二)为北七真。丘处机世称长春真人，受到成吉思汗隆遇，赐号「神仙」，爵「大宗师」，掌管天下道教。

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全真道融摄佛儒，高唱三教归一。王重阳不独奉道经，亦劝诵《般若心经》、《孝经》。丘处机说：「儒释道源三教祖，由来千圣古今同」(《磻溪集》)。元初道士李道纯说：「引儒释之理证道，使学者知三教本一」(《三天易髓》)。全真道是内丹派与禅宗、理学相结合的产物，它以明心见性、养气炼丹，含耻忍辱为内修之真功，以传道济世为外修的真行，功行双修，以期成仙证真，故谓之全真。唐宋以来，外丹多次失败，内丹与养性说的地位上升。全真道一方面破斥肉体，否定人性，追求精神解脱，向佛教靠拢；另一方面又讲天命之性，强调善行道德，向儒家靠拢。王重阳明确否定肉体长生，而以本无生灭的「真性」为解脱成仙之本。「真性」空净永恒，又称「真心」、「元神」、「天命之性」、「道心」，只要思想上修炼到清净虚寂，无所挂累的状态，即是成仙得道。但又与禅宗有别，它以神为性，以气为命，要求见性与养气结合，炼精化气，炼神还虚，炼虚合道。炼就的「阳神」，形象同于本人，升天为天仙。因此全真道仍不离道教本色。