道教理论驳杂，论其深微不如佛教，论其致用不如儒术，然而它在两晋南北朝期间仍得到长足的发展，成为三大社会思潮之一。究其原因，一者，炼丹成仙的宗旨迎合了贵族的精神需要，保身隐居的生活方式受到厌世士人的欢迎，符箓斋醮的消灾治病方法及互助共济的道规对苦难中的民众有一定吸引力；二者，它利用老庄之学形成一般迷信所无的神学体系，又与儒学结成的思想联盟，维护纲常名教，取得封建统治者的信任；三者，它的养生论与医学均有科学成分与实用价值，它又能包容各种思想数据，形成内容丰富的文化系统，因而受到重视。

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西晋道士王浮着《老子化胡经》，增益老子入夷狄为浮屠的传说，成为后来道士批评佛教的理论依据。上清诸经之一部《黄庭经》，是道教内丹派修道之书，它发挥古道书中人身脏腑有主神之说，结合古医书关于脏腑的理论，阐述积精累气、健身长生的道理和方法，成为内丹学的经典著作。两晋之交道士葛洪着《抱朴子》，其内篇集以往神仙外丹理论之大成，标志着上层道教已有了自己独立的神学理论。他系统论证了神仙必有、长生可致的教旨，并说明学道虽然多途，而最要者一为修德守礼：「欲求仙者要以忠孝和顺仁信为本。」(《对俗》)二为服用金丹上药：「升仙之要在神丹也。」(《金丹》)其次辅之以清心寡欲、房中术、吐纳行气和草木药饵。葛洪取老抑庄，特别攻击张角等代表的民间道教，表明了丹鼎派道教捍卫封建制度的政治立场。葛洪对汉魏政治有许多批判，对社会改革提出一系列建议。他的学说除宗教内容外，在宇宙学、历史观、古代化学、医药学等方面，包含着若干有价值的科学内容。

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东晋时五斗米道传入内地和沿海，并从民间发展到上层士族。名门大族如郗氏、王氏、殷氏等，皆世代信奉。晋末有孙恩、卢循利用五斗米道反叛晋廷的事件。南朝刘宋道士陆修静，「祖述三张，弘衍二葛」，将丹鼎派与符箓派集于一身。他依据封建宗法思想与制度，制定新的道教斋戒仪范，世称南天师道。又因其弘扬《灵宝经》，后人称其教派为灵宝派。陆修静着《三洞经书目录》，将道书按洞真、洞玄、洞神三部分类整理，奠定了以后《道藏》三洞四辅的体例基础。齐梁道士陶弘景，为梁武帝所信赖，隐居茅山而顾问国事，时人称「山中宰相」。他上承老庄、上清经及葛洪，以存神服气为主要修行方法，辅以诵经、功德，不甚重符箓斋醮。着有《真诰》、《真灵位业图》、《登真隐诀》等书，宣扬上清派理论与道术，编造等级森严的新的神仙谱系。他援儒、佛两家入道教，主张三教合流，说「百法分凑，无越三教之境」，晚年自誓受佛教五大戒。

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北魏道士寇谦之少修张鲁之术，后人嵩岳修炼，假托太上老君神旨，继承张天师职位，造作《云中音诵新科之诫》，声称要「清整道教，除去三张伪法，租米钱税，及男女合气之术。大道清虚，岂有斯事。专以礼度为首，而加之以服食闭练。」(《魏书‧释老志》)又托老君玄孙李谱文名义，受真师、鬼师、民师、天师四录，作《录图真经》，以辅佐太平真君(魏太武帝年号)自任。大臣崔浩师事之。寇谦之与弟子曾在北魏京城东南郊起天师道场，制定乐章诵诫新法，魏太武帝亲临道场受符箓。寇谦之的道教称北天师道，是改造五斗米道并吸收佛教轮回教义和佛教仪规而建成的，有一套较完整的斋醮、诵经、礼拜、祈祷仪式。

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魏晋南北朝时期有大量道书出现。《抱朴子》中列有二百八十二种。梁阮孝绪《七录序》列道书四百二十五种，一千一百二十八卷。《隋书‧经籍志》列三百七十七部，一千二百一十六卷。