佛教发源于古印度，两汉之际，由西域传入中国内地。东汉初年上层权贵已有人信佛，但依附于黄老崇拜，如楚王英晚年「更喜黄老，学为浮屠，斋戒祭祀」(《后汉书‧楚王英》)，汉明帝诏书中亦有「楚王诵黄老之微言，尚浮屠之仁祠」等语。据《理惑论》等书载，明帝梦见神人，傅毅解为天竺之佛，于是明帝派遣使者至大月支写佛经四十二章而归，并于洛城西门外起佛寺。但东汉僧人多为西域人，故后赵时王度说：「汉明感梦，初传其道，唯听西域人得立寺都邑，以奉其神；使汉人皆不得出家。」(《高僧传‧佛图澄》)在一般人心目中的佛教，教义类似黄老之学，佛陀类似神仙。袁宏《后汉纪》说佛教「专务清静」，「息意去欲，而欲归于无为也」，「佛身长一丈六尺，黄金色，项中佩日月光，变化无方，无所不入，故能通百物而大济群生」。桓帝时襄楷上书说：「又闻宫中立黄老浮屠之祠，此道清虚，贵尚无为，好生恶杀，省欲去奢。」(《后汉书‧襄楷传》)汉末三国时期，下层佛教信徒日渐增多，丹阳官吏笮融大起佛寺，建立可容三千人读经的楼阁，浴佛设酒饭，「民人来观及就食且万人」(《三国志‧吴志‧刘繇传》)。在佛经传译方面，安息国僧人安世高于桓灵之世来到中国，系统翻译介绍小乘经典及禅法。与此同时，月支僧人支娄迦谶来华传译大乘般若学经典及思想，从此大乘佛教传入汉地。三国时魏人朱士行首次西行求法。吴地有西僧支谦、支亮译注佛经，后有康僧会来吴，用儒家思想注译佛经，影响较大。此外《大阿弥陀经》和《无量寿经》也传译内地，弥陀净土信仰开始流行。但终汉之世，佛教尚未形成一股强大的社会思潮，未能引起人们强烈的关怀。魏正始间出现的玄学，并没有受到佛教直接影响，便是明证。

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道教来源于古代的民间巫术和神仙方术，又将《老子》、《庄子》加以附会引伸，形成以长生成仙为根本宗旨的道教教义，随着相应的宗教组织和活动的出现，道教便正式诞生了。道教的产生大体上与佛教的传入同时，它一开始就吸收儒、阴阳、谶纬和佛教各家的成分，具有庞杂性。早期道教经典《太平经》约成书于安、顺之际，它把汉代道家关于气的学说神秘化，将养生论引伸为长生说，主张通过养性和积德的方法，包括行孝、守一、含气、服药等，达到长生成仙的目的。它崇拜的至上神是「委气神人」，其下有神人、真人、仙人、道人，组成神仙世界。它受儒家积善余庆积恶余殃的启发，提出「承负」说，谓先人之功过，积之既久，则延及子孙，而有福祸之异。它主张阴阳调和、五行当位，向往君臣民同心协力的封建太平理想，表达了地主阶级中改良派的政治愿望。东汉还有魏伯阳着《周易参周契》，综合以往的丹方术，并与《周易》、黄老思想互相掺合，形成内外丹结合的学说。后人以身为炉体，按照阴阳的变化，六十四卦的运行，修养精气，结而成丹，是谓内丹。以药石炼制成丹，是谓外丹。丹成可以养性延命，乃至不死成仙。该书被称为丹经王，对道教教义的发展产生很大影响。

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灵帝之世，政治腐败，危机四起，出现了属于民间道教的三股有组织的势力，与朝廷对抗。《三国志‧张鲁传》注引《典略》称，三辅有骆曜，教民缅匿法；东方有张角，为太平道，道师持符祝，教病人叩头思过，以符水治病；汉中有张修，其道略与张角同，又设祭酒，主以《老子》五千文，为病人作三官手书，使病家出米五斗以为常，号为五斗米师。后来太平道发展到数十万人，连结八州，以三十六方为组织系统，声言「苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉」，举行了震撼全国的农民大起义，后虽遭镇压，但汉王朝统治根基已被动摇。张修为五斗米道首领时也举行过起义。据《张鲁传》称，张鲁袭杀张修，夺其众，据汉中，自号师君，成为后期五斗米道的首领，此后五斗米道变成张鲁割据巴汉的工具。张鲁降曹操后，被拜为镇南将军，五斗米道得到宽容被保存下来。张鲁的五斗米道实行政教合一，以祭酒为官，有严密的组织，并重视教义的建设。据考证，《老子想尔注》当系五斗米道的《老子》讲疏，宣扬长生成仙说和忠孝仁义等封建道德，首次提出「太上老君」的神名，和「道教」的教名。它在《太平经》的基础上，进一步将道戒具体化，但反对内胎练形术与胎息之法，表现了符箓派道教的特点。太平道则因其叛逆性被取缔了。五斗米道由于教义与地主阶级利益相一致而被允许继续合法流传，至南北朝时以天师道的名义发展起来，成为全国性的宗教。