与早期祖先崇拜相伴而生的是早期自然崇拜，包括精灵崇拜、灵物崇拜、魔力崇拜等主要形式，其中以精灵崇拜为中心。

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如果说图腾崇拜观念中人和自然的灵魂还浑然一体，则到此时，二者已有了比较明确的区分，形成了各自独立的个体灵魂。如越过图腾崇拜阶段的美拉尼亚人，把灵魂分为三种，一是活人魂(「阿泰」)，二是死人魂──亡灵(「塔马特」)，三是自然精灵。我国佤族称活人魂为「宽」，死人魂为「格姆昂」，自然精灵为「斯艾」。独龙族称活人魂为「卜拉」，死人魂为「阿细」，自然精灵为「卜郎」。景颇族称人魂为「南拉」(包括生魂和亡灵)，称自然精灵为「拿」。哈尼族称人魂(包括生魂和亡灵)为「尤哈」，称自然精灵为「尼哈」。僳僳族称人魂(包括生死二者)为「尼」，称自然精灵为「稠哈」。总之，人和自然的区分已相当明显了。

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精灵崇拜是与女性祖先崇拜相对应的自然崇拜形式之一。所谓「精灵」是指人格化的超自然力。精灵是按照祖灵的模式推衍出来的。像祖灵那样，具有人般的意志、感情和欲望，以自然界的事物和力量为崇拜对象，如山之精灵就以山为代表，河之精灵以河为代表，虽有人格，但还没有人形化的形象，总是和具体的自然事物和力量相联系，人们所崇拜的是它们的自然属性，是自然事物和力量背后隐隐莫测的灵体，是超自然力的初级形态之一，故通称为精灵。

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由于此时期农业和畜牧业的发展，使山林、土地、日月、风雨、河湖、虫兽等与生产有关的自然物和自发力都成了主要崇拜对象。例如直到解放初期还保留着母系家庭公社的拉祜族，他们信仰的「神鬼」一般通称为「尼」，即「精灵」，汉语俗称「鬼」，有「厄沙」(天公鬼)、「厄马」(地母鬼)、「厄尼」(水鬼)、「哈尼」(石鬼)、拔尼(龙鬼)、「厄简尼」(箐谷鬼)、「米比尼」(倒山鬼)、「牟厚尼」(风鬼)、「牟哈西厄尼」(虹鬼)、「迷拜尼」(火塘鬼)、「厄交尼」(路鬼)、「谷尼」(谷鬼)、「夏尼」(猎鬼)等以上这些精灵实质上都是自然异己力量的人格化。