自然科学和唯物主义哲学从其诞生之日起就是作为宗教神迹说的对立物出现于世的。他们反对用超自然的神和神的超自然作用，而用物质本原的组合和作用来说明一切自然现象。早在古代希腊和古代中国的自然主义哲学中，即已达到这样的认识：整个世界是各种物质元素互相作用而形成的因果系列，一切自然现象都有自然原因，都为先在的物质原因所决定而必然发生。按照最重要的自然主义哲学家德谟克里特的说法：「一切都遵照必然性而发生」。在他看来，偶然性(包括神迹事件)只是人们对事件产生的必然原因无知而产生的主观观念，是一种为了掩盖自己的轻率而进行的捏造。这就从根本上排除了神对自然的干预，排除了作为破坏自然必然性而产生的神迹事件存在的可能性。自然主义哲学关于因果必然性的原理，后来一直成了自然科学和哲学反对神迹说的理论基础。甚至像古罗马西塞罗这样的哲学家，尽管一方面相信「神恩」、「天道」和灵魂不死，另一方面也根据因果法则而否定神迹。他认为任何事物都有其原因，没有原因便没有事物的发生。如果一个事物在事实上发生了，他就是原因的结果，而不是一个神迹。因此，神迹不存在。当然，西塞罗对他的结论作了限制，认为神迹故事对培养无知民众的宗教虔诚是必要之举。

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文艺复兴以后，随着新兴实验科学和机械自然主义哲学的发展，人们普遍相信，一切自然现象都是按照自然规律而必然产生，一切自然的奥秘都有其自然的原因，而无须借助于超自然的神力。神迹信仰被当作反科学、反理性的蒙昧主义而受到严厉的批判。

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斯宾诺莎的泛神论认为神即自然，天命就是自然律。万物作为实体(神)的样式是为自然律的必然性所决定的，自然物的这种合乎规律的互相决定，使整个自然界表现出有秩序有条理的合理性。在自然体系中，一切反乎自然必然性的奇迹事件都不可能产生。他的结论是：「……所以违反自然的普遍法则的自然界任何事物也就必然违反神命、神性与神的智力，也就是，若是有人说上帝之所施为是违反自然的法则的，他事实上就不得不说上帝之所为违反了上帝自己的性质──这显然是荒谬的。」宗教神学所谓神创奇迹之说，违反了神的本性，不属于自然的本真，而只能被视为与个人的主观意见有关。具体地说，宗教圣书中和普通迷信中所谓的神迹，或者是讲述者对这些事件之自然原因的无知，或者是由于他们在有意进行欺骗。斯宾诺莎呼吁把《圣经》中一切违反自然规律的神迹故事「弃绝摈斥」：

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若是《圣经》中以明确的话叙述某事，确与自然界的规律相违反，或不能由自然界的规律推知的，我们必信其为无宗教心的人蒙混插入到圣书里面的。因为凡与自然相背的也就与理智相背，凡与理智相背的就是荒谬的，事实上是要加以弃绝摈斥的。

十七─十八世纪的自然神论与斯宾诺莎的泛神论，在神迹问题上的观点大同小异。他们认为上帝不仅是按理性原则来创造世界和安排自然秩序的，而且在创世之后就听任自然界按照预定的规律和秩序运转而不干预其自然进程。这也排除了反自然的神迹事件。

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十八世纪法国百科全书派从根本上否定神的存在，完全把自然视为一个按照自己的规律而运动的体系。自然界的一切都永远遵循不变的法则。在此基础上，抛弃了泛神论和自然神论的一切掩人耳目的神学外衣，对神迹说作了彻底的无神论的否定：

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这样一来，那么在自然中就既不能有怪物，也不能有神奇、奥妙和奇迹。我们所谓怪物，就是为我们眼睛所不熟悉的一些配合，而它们并不因此就不是什么必然的结果。我们所谓的神奇、奥妙、超自然的结果，乃是自然的一些现象，不过我们丝毫不认识它们的根源和活动的方式罢了，而且又因为缺乏对于真实原因的认识，我们遂荒谬地把这些现象归之于一些虚构的原因。这些原因，同秩序的观念一样，是只存在于我们内心之中的，可是我们却把它们放在自然之外，放在在它之外任何什么东西都不能存在的那个自然之外。

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至于说到人们所称的奇迹，就是说，有违于自然的不变法则的那些结果，我们觉得像这样的事情是不可能的。

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总上所述，从古代希腊以德谟克里特为代表的原子唯物论到近代唯物论(斯宾诺莎、霍尔巴赫等)，都是根据自然进程的规律性和因果必然性去否定宗教的神迹说。在哲学上，人们常把这种唯物主义原理称之为「机械决定论」，对它的哲学意义不无微词，认为它没有正确全面地处理必然性与偶然性的关系。关于这一点，本书不拟从哲学的角度详加评论，只想从宗教学的角度评价它对神迹说的批判。我们认为，唯物主义的决定论对神迹说是健全有力，无懈可击的。只有从决定论的立场，坚持自然法则的不变性和因果关系的必然性，才能从根本上否定宗教神迹说，除此以外，别无他途。决定论是自然科学的哲学表现，它的基本内容是完全合乎科学的。正是由于唯物主义决定论对神迹说的否定，又反过来推动了自然科学在各个自然领域排除了神的干预和神对自然必然性的违反，坚持探寻一切自然奥秘的自然原因，使唯物主义和无神论在许多领域都获得了清除神迹信仰的伟大胜利。